Ministerstvo riadi a za jeho činnosť zodpovedá minister.
Ministra v čase jeho neprítomnosti zastupuje v rozsahu jeho práv a povinností štátny tajomník. Minister môže poveriť aj v iných prípadoch štátneho tajomníka, aby ho zastupoval v rozsahu jeho práv a povinností. Štátny tajomník má pri zastupovaní ministra na rokovaní vlády poradný hlas. Štátneho tajomníka vymenúva a odvoláva vláda na návrh príslušného ministra.
• V odôvodnených prípadoch, najmä ak ide o viacodvetvové ministerstvá, môže vláda určiť,
že na ministerstve pôsobia dvaja štátni tajomníci; minister určí, v ktorých otázkach a v akom
poradí ho štátni tajomníci zastupujú.
• Vláda môže určiť, že na ministerstve dočasne pôsobia traja štátni tajomníci, ak jeden z nich
je určený len na plnenie úloh súvisiacich s predsedníctvom Slovenskej republiky v
Rade Európskej únie.
Organizačnú štruktúru ministerstva určuje organizačný poriadok ministerstva, ktorý vydáva minister.
• Ministerstvo sa člení na sekcie a odbory, prípadne iné organizačné útvary.
Sekcie sa zriaďujú najmä pre jednotlivé úseky činnosti ministerstva. Sekciu riadi generálny
riaditeľ. Sekcie sa môžu členiť na úrady, odbory alebo iné na ich úroveň postavené organizačné
zložky.
• Úrad, odbor alebo inú organizačnú zložku riadi riaditeľ.
